1950年5月，在前中央研究院化学研究所、前北平研究院化学研究所和药物研究所得基础上合并成立了中国科学院有机化学研究所，庄长恭为首任所长。

　　1952年中国科学院生理生化研究所的有机化学组调入；1953年药物研究室分出；此后，长春物理化学和应用化学研究所部分研究人员调入成立物理化学组；1956年高分子化学组和高分子物理组从本所调出；1970年，本所易名为中国科学院上海有机化学研究所。