为体现有机所60年所走过的辉煌岁月，体现有机化学学科的特色，标识紧密围绕数字“6”以及有机化学中常见的基本图形元素进行设计。

标识背景中的红色六瓣纹样的最初设计思想来自原子轨道d轨和p轨的图形，又可以视作sp3杂化轨道四面体在一个平面上投影的重叠，当然由于对称因素，也可以看做sp2杂化轨道投影的重叠或者sp轨道投影的重叠。通过如此简单的组合，背景的花瓣状纹样几乎涵盖了元素周期表上的所有元素原子电子云和分子轨道的基本要素；并且纹样从另一角度来看又很像自然界中很多植物花朵绽放时的造型。总而言之，背景的红色六瓣状纹样表达了对有机所在建所六十周年以来在生命有机、金属有机、元素有机、物理有机和材料有机等各个分支学科中所取得的突出贡献的赞美。

标识前面的原色菱形砌块拼图纹样最早的设计灵感来自苯环的六边形以及中国古代异智玩具七巧板的奇妙构想。原色菱形砌块拼接成了一个阿拉伯数字“6”的纹样，一方面表示了有机所建所六十年以来所走过的风风雨雨，另一方面又暗示着有机化学家的工作本质，通过化学反应的手段创造性地切割或构建化学键以产生种种分子，或者发现全新的化学反应，为人们所用，造福人类社会。

从整体上看，整个标识又像一个微微打开的彩色盒子或者正在旋转的魔方，放射出奇异的光芒，象征了有机所的化学家们不断探索着自然界的奥秘，就如同打开一个个装满神秘未知事物的黑盒，当一切变得清晰明朗，绚烂璀璨的有机化学世界展示在我们的面前，一切被光照亮。由此产生的这种惊异之请，将号召着有机所一代又一代的学子与工作者不断向前努力探索下去。